Conformément au Code Général des Collectivités Territoriales,
le SIAEPAP est administré par un Comité Syndical.
 

Composé de 38 délégués titulaires et 38 suppléants élus par les conseils communautaires (2 titulaires et 2 suppléants par commune adhérente), le comité syndical est l’assemblée délibérante qui prend toutes les décisions importantes.

Rassemblé à l'occasion des Conseils Syndicaux, le comité élit le Président, les Vices-Présidents, les membres du bureau syndical, définit la politique du syndicat, vote le budget, approuve le compte administratif et se prononce sur les demandes d’adhésion et de retrait des collectivités.